布莱凯特黑牛PDSS1基因的克隆测序及生物信息学分析

摘要：对布莱凯特黑牛PDSS1基因cDNA进行克隆测序，为进一步研究PDSS1基因与布莱凯特黑牛胴体内CoQ10含量、肉质性状等的相关性提供理论基础。针对Ensembl公布的牛（参照）PDSS1基因中11个外显子，设计9对引物，对布莱凯特黑牛基因组DNA进行PCR扩增、克隆测序；利用软件Lasergene7．0拼接出PDSS1基因cDNA，提交至GenBank并进行生物信息学分析。结果表明：布莱凯特黑牛PDssJ基因cDNA全长1574bp，包括一个长1257bp的完整开放阅读框，编码418个氨基酸。PDSS1蛋白含5个跨膜区，信号肽由26个氨基酸组成，成熟肽由392个氨基酸组成。布莱凯特黑牛与牛（参照）、海福特牛、马、猪、犬、小鼠、黑猩猩、人在编码区核酸序列同源性依次为99．9％、99．8％、89．0％、83．1％、88．6％、81．1％、80.8％、80．9％；推导氨基酸序列的同源性依次为100％、99．8％、92．0％、81．8％、91．6％、79．0％、80．4％、80．7％。本试验成功克隆了布莱凯特黑牛PDSSJ基因cDNA，并提交至GenBank（登录号：KC787698）。布莱凯特黑牛与牛（参照）、海福特牛在PDSS!基因编码区的同源性极高，聚为一类；与马、犬、猪、小鼠、人、黑猩猩等物种的同源性相对低些。